A növény egyedi fejlődésében a legkorábban megjelenő szerv a gyökér. A magvak csírázásakor először a gyökérkezdemény/ gyököcske-radikula/ indul fejlődésnek és rendszerint ez bukkan elő a magból legkorábban.
Nyitvatermőknél és a kétszikű zárvatermők esetében a fejlődő gyökér tovább növekedik, oldalágakat bocsát szét, elágazásokat hoz létre kialakítva a valódi főgyökérrendszert/ allorhizás gyökérzet/. A valódi gyökér eredetét tekintve tehát közvetlenül a csíra gyökérkezdeményből a radikulából származik. A teljes gyökérrendszer – másnéven gyökérzet – pedig az először fejlődésnek induló un primer gyökér további elágazásaiból terebélyesedik, gyarapodik. A tipikus főgyökér általában pozitív geotropizmussal függőlegesen lefelé/ortotroposan/ növekszik. A belőle oldalra ágazó gyökerek ferdén vagy vízszintesen/ plagiotroposan/ helyezkednek el.
Az egyszikű pázsitfüveknél és a sásoknál csírázáskor az embrió gyököcske fejlődése korán megakad, a főgyökér növekedése általában gyorsan leáll. A gyököcske eredetű főgyökérág ezután elhal, vagy alárendelt szerepű lesz a későbbiekben. A továbbiakban a növénycsoportra jellemző homogénebb habitusú bojtos gyökérzet/ homorhizás gyökérrendszer/ a főgyökér feletti mezokotil részből fejlődik ki. Ez a gyökérzet típus -mivel közvetlen kapcsolata a továbbiakban nincs a radikulával – már nem tekinthető valódi gyökérzetnek, hanem az un hajtáseredetű gyökerekhez tartozik.
A hajtáseredetű gyökerek elnevezést újabban gyakran összefoglalóan használják azoknak az un adventiv gyökereknek/ radix adventitia/ a megjelölésére, amelyek természetes úton pl. rizómából, hagymából, indából, szárból stb fejlődnek, vagy az egyszikűeken jönnek létre. Helyzetüket tekintve lehetnek földben fejlődő/ pl rizómák, hagymák, gumók gyökérzete/ és a felszín felett megjelenő változatos működésű un léggyökerek.
A hajtáseredetű gyökér tehát nem a bipoláris embrió gyökérkezdeményéből/ (gyököcskéből-radikula) alakul ki, hanem az egyedfejlődés későbbi szakaszában közvetlenül a hajtástengelyből, gyakran a szárcsomóból: noduszból, esetleg a hipokotil-mezokotil részből jön létre és szinte egyenrangú, egyforma fejlettségű ágakból áll, melyek azonban kisebb oldalgyökereket fejleszthetnek. Ezeknek a gyökereknek a fejlődése a valódi gyökérzet oldalgyökereihez hasonlóan a tengelyszerv belső szövettájából, általában a periciklus/perikambium részből indul/endogén eredet/. A gyökerek fejlődésük kezdetén áttörik a hajtástengely kéregszöveteit és így jutnak ki környezetbe. A szövettani felépítés is sokban hasonlít a valódi gyökerekhez pl a szállítónyalábok egyszerűek, váltakozva állnak, az endodermisz is általában jól felismerhető.
Ugyanakkor a hajtáseredetű gyökér funkciójától függő különbségek, egyedi vonások is megjelennek. Pl a kétszikűek hajtáseredetű raktározó gyökereiben a központi hengerben gyakran hiányzik a fasugaras nyalábszerkezet, középen ilyenkor fejlett bélszövet van, vagy a másodlagos vastagodással nem alakul ki egy összefüggő szállító szövetrendszer/ pl Valeriana tipusú vastagodás/ sok hajtáseredetű gyökérben. Ezzel is összefügghet, hogy a hajtáseredetű gyökerek általában csak néhány évig élnek.
A hajtáseredetű, a gravitációt követő pozitív geotropizmust mutató gyökerek zömmel vagy módosult hajtástengelyeken, szárakon, vagy szármódosulásokon keletkeznek és különböző funkciók ellátására szakosodnak. A száraktól szövettanilag sugaras egyszerű nyalábszerkezetük és endogén keletkezésük különbözteti meg őket, a valódi gyökerektől eltérően ritkán fejlesztenek elágazásokat és gyökérszőröket. Szerkezetük a funkciótól függően jelentős egyedi módosulásokat is mutat. . A hajtáseredetű gyökerek geotropizmusa a gyökér későbbi funkciójától is függ.
A járulékos (adventív) gyökerek megjelenése, kifejlődése az előbbiektől eltér
ően alapvetően külső körülmények hatására történik. Nem véletlen, hogy különösen a kertészeti gyakorlatban használt fogalom. A gyökérrendszer sérülésekor a hiányzó gyökerek regenerációja során és vegetatív szaporításnál a dugványok gyökereztetésekor megjelenő gyökerek megkülönböztetése az előző két csoporttól indokolt, hiszen a spontán, vagy gyökereztető hormonkezelések hatására megjelenő járulékos gyökerek elsődlegesen egy sebzési hegszövetből/ kalluszból/ fejlődnek/ exogén eredet/. Általában hajtéstengely/szár/ eredetűek, ritkán pl a levéldugványoknál levélen is megjelenhetnek/ pl Begoniák, Sansevieriák/. Ezeknél a gyökereknél a szállítószövet struktúra később épül ki, míg a valódi hajtáseredetű gyökereknél a szállítónyalábok együtt fejlődnek a gyökerekkel.
A gyökér általános, alapvető funkcióit/ mechanikai rögzítő szerep, vagy a tápanyag és vízfelvétel/ általában mindenki ismeri .Emellett a gyökérben élénk anyagcsere zajlik. Fontos hormonhatású vegyületek/ pl citokininek/, vagy drog hatóanyag speciális vegyületek keletkeznek szállítódnak a földfeletti részekbe, vagy raktározódnak itt keletkezésük helyszínén. A gyökérsejtek szintetizálják az iontranszport sok közvetítő molekuláját/ pl szideroforok/ és számos olyan vegyületet, melyet a gyökérsejtek leadnak a szomszédos külső környezetükbe/ pl allelopatiás hatású molekulák/. A gyökérszövetben – különösen intenzív kiegyensúlyozatlan ionfelvételkor – jelentős mértékű a sötét széndioxid fixálás, amelyben szerves savak keletkeznek..
Az említett általános alapfunkciók mellett, gyakran egy adott más működés érdekében, a gyökér habitusa és szerkezete jelentősen átalakulhat. Ilyenkor gyökérmódosulásokról , módosult gyökerekről beszélünk.
Különböző mértékben szinte minden gyökér ellát bizonyos raktározó funkciót., de ismerünk jelentős mértékű raktározásra módosult speciálisan vastagodott a földben fejlődő raktározó gyökereket./pl. gyökérgumó, karógyökér, ikergumó, koloncos gyökérzet stb./. Raktározásra módosulhat valódi gyökér/ pl sárgarépa/, de a hajtáseredetű gyökerek között is találunk módosult raktározó gyökereket szép számmal. A tápanyagok/ keményítő, inulin, nyálkaanyagok, fitinsav stb/ raktározása mellett fontos ezeknek a szerveknek a raktározott makromolekulák/pl nyálkaanyagok-savas poliszaharidok/ hidrátburkához kötött víztartalma. A raktározott tápanyag és energiaforrás makromolekulák mellett az így megkötött, raktározott tartalék vizet is mobilizálják pl a hazai flóra geofiton fajai kora tavaszi ébredésükkor, amikor a hideg talajból még nem jutnak elegendő vízhez életfolyamataikhoz.
Alapvetően más funkcióra módosultak a szintén talajban található hajtáseredetű kontraktilis húzó gyökerek. 
Az érdekes vastag gyökértípus elsősorban a földbeni módosult hajtásokat/ hagymákat, gumókat, ortotrópos rizómákat, tőlevélrózsa rozettákat/ húzza a talajba bizonyos mélységig. Oldalágakat nem találunk rajta és vastag ráncos, gyűrött felszínével, feltűnően különbözik a többi gyökértől. Számos fajnál folyamatosan működik és így a felfelé növekedő, felnyúló részeket tartja a földfelszínen, vagy optimális mélységben.. Vannak esetek, amikor a kedvezőtlenné váló környezeti változások/ fagy, kiszáradás/ hatásaitól védi meg a növényt, ekkor szakaszosan, gyakran csak meghatározott évszakokban funkcionál. Működésével biztosítja azt, hogy az érzékeny osztódó részek mindig kiegyenlített, stabil feltételek között működhessenek. A húzógyökér felső. idősebb része zsugorodik / kontrahál/ a kéreg térfogat, alak és méretváltozásai következtében. A sejtfal cellulóz mikrofibrillumainak átrendeződésével elsősorban a kéreg/cortex/ dilatációs szövetének sejtjei hosszirányban rövidülnek és sugárirányban megnyúlnak. Lényegében hasonló történik, mint mikor egy legkisebb lapján álló felfelé magasodó téglát a legnagyobb alaplapjára lefektetünk. A sejtfalak átrendeződése következtében a sejt magassága kétharmadával is csökkenhet néhány hét alatt!
A szívógyökér/hausztorium/ egy különleges módosult gyökér, amely egy másik növényhez kapcsolódik, behatol a gazdanövénybe és annak farészéhez( vö félparaziták-hemiparaziták), más esetekben a háncsrészéhez vagy mindkettőhöz csatlakozik( vö paraziták-holoparaziták). A holoparazita, vagy teljes parazita(teljes élősködő) egyáltalán nem képes fotoszintézisre, míg a hemiparazita, vagy félparazita (félélősködő) önállóan fotoszintetizál, de a gazdanövényből veszi fel a vizet és az ásványi anyagokat. 
A szívógyökér( hausztorium) három alapvető feladatot lát el. Biztosítja a megtapadást, behatol a sejtekbe és transzportálja a vizet sókat és asszimilátumokat. Dacára annak, hogy a funkciók hasonlóak a hausztoriumok finomabb morfológiája variál. Általánosnak mondható különösen a gyökérélősködőknél a gazdanövény gyökereire tölcsérszerűen tapadó harang. A tapadófelület belső része barázdált és a közepén egy egyszerű fanyaláb, más esetben egy magányos összetett nyaláb lép be a gazdanövény sejtbe.
A hausztórium nem egy egyszerű szívócsonk, belsejében nagy számban tartalmaz parenchima sejteket gazdag organellum rendszerrel, fejlett endoplazmatikus membrán hálózattal és számos a sejtek között húzódó plazmodezmával. Finomabb szerkezetét vizsgálva nagyon valószínű, hogy benne élénk anyagcsere zajlik. Ezzel függhet össze, hogy a parazita szervezetében gyakran olyan cukrok, vagy nitrogénvegyületek halmozódnak a gazda-parazita kapcsolat kialakulása után, melyeket a gazdanövény egyáltalán nem tartalmaz. Ezek szintézise, átalakítása a hausztóriumokban történhet, és csak ezután lépnek be az átalakult anyagok a parazita testébe. Az anyagok továbbítása a gazdanövény sejtjeiből a hausztórium nyalábba történhet egy szállító molekulákkal közvetített anyagtranszport, vagy valamilyen pórusokon, csatornákon keresztül történő kevésbé specifikus anyagáramlás révén. A hausztorium egy fizikai és fiziológiai híd a két faj: a gazda parazita komplex között.
A talajban működő módosult gyökerek mellett a növényen a talaj szintje felett is szép számmal találunk különféle funkciókra specializált, többnyire hajtás eredetű gyökereket. Összefoglaló néven ezeket a léggyökerek változatos forma és funkciógazdag csoportjába soroljuk. Feladata szerint a léggyökér lehet:
1.-Valódi léggyökér: Elsődlegesen a levegő páratartalmából történő vízfelvételt szolgáló, zöld színű, fotoszintézisre is képes léggyökér.
Főként a trópusi fák koronaszintjében lakó (epifita) növények döntően passzív vízfelvételét és anyagfelvételét biztosítja. A levegőben lógó gyökérfonalakat kívülről speciális többsejtsoros módosult rizodermisz a gyökérburok /velamen radicum/ borítja. A velamen különlegesen vastagodott falu elhalt sejtjei segítségével képes a gyökér vizet megkötni a légköri párából és tápanyagokat abszorbeálni a lecsapódó vízcseppekből. A vastag sejtfalakban abszorbeált víz először a kéregbe kerül, onnan pedig a növény többi részébe.
2.-Kapaszkodó léggyökér: Kúszónövények hajtását támasztékához rögzítő léggyökér / pl.:borostyán- Hedera helix /. Gyakran a liánszárokon fejlődnek és végeiken tapadást segítő lemezek, erős horgak, vagy tapadókorongok segítik a felületen történő biztos kapaszkodást. 
Természetes körülmények között általában a jobb fénykihasználás érdekében kúsznak ezek a fajok elsősorban durva felületeken egyre magasabbra. Kapaszkodó felület híján azonban szétterjedhetnek a talajon, befuthatnak mindenhová akár mélyebb hasadékokba is. Ekkor a kapaszkodó gyökerek egy része a nedvesség és a fényhiány következtében megnyúlik és táplálék felszívó hajtáseredetű gyökérré alakul át. A hazai flórában legtöbben talán a borostyán, a trombitacserje vagy a vadszőlő kapaszkodó léggyökereit ismerik. Trópusokon a léggyökereikkel fákra kapaszkodó liánok a helyi flóra fontos részei.
3.-Táplálékszállító léggyökér: a talajban végződő, de talajfelszín felett eredő hajtás eredetű gyökér, mely tápanyagokat juttat a talajtól távol eső növényi részeknek. – pl.: Philodendron sp., Monstera sp.
A Ficus benjamina – csüngő ágú fügfák fiatal korukban az alsó, gyakran vízszintesen álló ágaikból nagyszámban képeznek hajtáseredetű járulékos tápanyagszállító léggyökereket, amelyek amíg a levegőben lógnak egyszerű parásodott bőrszövetű csüngő vékony ágakhoz hasonlítanak. A talajt elérve azonnal gazdagon elágaznak. A tápanyag szállító léggyökerek nem élnek hosszú ideig és feladatuk a hatalmasra növekedö lombozat pótlólagos tápanyag és vizellátása.. Idősebb fáknál, mikor az intenzív növekedés befejeződött a csüngő gyökerek helyett az alsó ágakból néhány erősen fejlett néha törzsvastagságú oszlopszerű támasztó léggyökér fejlődik. Ezek tartják a hatalmas, messzire kinyúló közel vízszintes oldalágakat.
4.- A támasztó gyökerek. a tengelyből, esetleg az alsó ágakból eredő hajtáseredetű gyökerek amelyek a növény alátámasztását , rögzítését szolgálják. Alaptípusai jól elkülöníthetők egymástó
4.1.-Mangrove gyökérzet. 
A mocsaras laza talajú területeken, vagy az erős hullámverésnek kitett tengerparti mangrove zónában élő fajok módosult gyökerei, melyek a törzsből ill. az oldalágakból erednek és elérve a felszínt rögzítik, „kitámasztják” a rendszerint vékony hajlékony törzsű növényeket. A törzs oldaláról fejlődő gyökerek lefelé nőve a talajba fúródnak, ahol gazdagon elágaznak, és valódi, táplálék felvételre alkalmas gyökereket is fejlesztenek.
4.2.-Valódi támasztó léggyökerek. Zömmel a trópusi fügefáknál/ Ficus fajok/ az ágakból eredő lefelé csüngő néha függönyszerűen sűrű, el nem ágazó léggyökerek a talajt elérve egy idő múlva erősen megvastagodhatnak. Néhány gyökér ezek közül zömök oszlopos külsejű pillérekké fejlődik. Ezek a néha törzs vastagságú módosult gyökerek támasztják alá a hatalmas, messzire kinyúló közel vízszintes oldalágakat. Olyan erősen tartanak, hogy még az eredeti törzset is kiemelhetik a talajból. / pl Ficus benjamina – csüngő ágú füge/
4.3-Pányvázó léggyökér / Koronagyökér: talajhoz közeli, de a felszín felett lévő szárcsomókból induló járulékos gyökerek, melyek a szár stabilitását fokozzák. Egyes növényeknél a szártövek tájékán a legalsó szárcsomókból( nóduszokból) körkörösen, , gyakran több emeletben általában egyszerre(szinkron) fejlődő hajtáseredetű járulékos gyökérzet. A gyökerek elágazások és gyökérszőrök nélkül szabályosan ferdén oldalra növekednek –mintha a növény terpeszben állna – és a talajba érve rögzítik, kipányvázzák a növényt védve s kidőléstől. Gyakran találóan „pányvázó” gyökérzetnek is nevezik ezt a gyökér típust. Gabona növényeinknél a kukoricánál jól látszanak és a mangrove vegetáció fajainál is gyakran feltűnőek.
Több trópusi mangrove pálmánál a pányvázó gyökérzet különös megjelenést eredményez. Ezeket a pálmákat gyakran „sétáló pálmák”-nak/ walking palms/ nevezik a helybeliek.
4.4.-Palánkgyökerek A trópusi fák természetes élőhelyein a gyökérzet sekélyen fejlődik, mélyre nyúló központi tartógyökér nem alakul ki. A valódi gyökerek a felszín közelében azonnal szerte ágaznak és szerepük így csupán a tápanyag és vízfelvételre korlátozódik. A hatalmas törzset és lombkoronát a gyökérnyakból eredő és a fatörzs alsó részére is felnyúló föld feletti széles, lemezes szétfutó kinövések un palánkgyökerek stabilizálják.A néha 10m magasra felnyúló szárnyakhoz hasonló lemezek úgy támasztják oldalról az óriásfákat, mint a támpillérek a középkori katedrálisok égbetörő falait. A törzs részének látszó lemezes kinövések stabil, nagy állóképességet biztosítanak, akadályozzák a sekély gyökérzetű fák kidőlését.
5. – A pneumatofora átszellőztető működést ellátó elsősorban a mocsári növényekre jellemző módosult légzőgyökér. Ezeknél a fajoknál a gyökerek általában oxigén hiányos -anaerob – közegben élnek és a gyökérsejtek anyagcseréjéhez szükséges oxigént a pneumatoforák biztosítják.
A vízszintesen futó oldalgyökerekből eredő és negatív geotrópos – azaz felfelé növekvő – gyökérágak a levegőbe függőlegesen emelkednek. Felszínüket paraszövet borítja, amelyben speciális lenticellákat, átszellőztető paraszemölcsöket, találunk. Ezeken keresztül biztosított a levegő bejutása a gyökérbe. A pneumatofora belső szöveteinek mintegy 80%-a szivacsos állományú, nagy intercellulárisokkal rendelkező átszellőztető szövet: aerenhima, melynek üregeiben a szükséges oxigén eljut a gyökérsejtekhez.
Szép, fejlett légzőgyökerei vannak a mocsárciprusnak/Taxodium distichum/, és a mangrove vegetáció néhány társulásalkotó fajánál/pl Avicenna fajok/ is nagyon jellemző.
.
.
A 3-6 cm hosszú virágaik zöldek, vagy a lila különböző árnyalatait mutatják és kora reggel napfelkelte körül virítanak. Megporzóik valószínű az éjszakai életet élő szender lepkefajok. Vöröses, lilába hajló gömb alakú húsos termésük ehető, az itt élő állatok számára fontos táplálék.
A szigeteken a szárazabb, sziklás partokon egy szárazságtűrő kaktuszos bozót társulás lett uralkodó. A meghatározó karakterfaj itt a vékony termőrétegen, vagy a csupasz lávamezőkön is megmaradó fa habitusu és méretű Galapagos fügekaktusz/ Opuntia echios/, amelynek különböző alfajait találjuk az egyes szigetek partvidékein.
Ez azért érdekes, mert annak ellenére, hogy nincs jelentős genetikai eltérés a típusok között a Galapagos fügekaktuszok hasonló adottságú élőhelyeken honos csoportjaiban is vannak kicsiny sűrűn tövises cserjék, 10-12méter magas/ subsp. gigantea/ vastag, erős csupasz fényes törzsű, elágazó ágrendszerű kaktusz fák és átmeneti hibrid alakok is. Lehet, hogy az erős morfológiai változékonyságnak még nem alakult ki a stabil genetikai háttere? A fajok szétválása szemünk előtt most történik!?
A kladódium egységekből modul szerűen felépülő Opuntia kaktusz fa törzse általában az alapi részen több módosult hajtásrész összenövéséből jön létre. Fiatalon tövises, és horgasan visszahajló vékony tüskéket/ un glochidák/ is visel a tövispárnákon. Az alacsonyabb, bokros formákon a tövisek és a glochidák lágyabbak. A magasabbra nyúló akár 10-12 m-es törzsek fokozatosan lecsupaszodnak, csak a tövispárnák/areolák/ szövetdudorai maradnak a fényesre kopott szakadozott idősebb korban gyakran üreges, odvas felszínükön. Törzsükben nem alakul ki a fákra jellemző szöveti szerkezet. A szilárdítást a rendezetten futó szállítónyalábok erős nyalábhüvely részei végzik. A radiális oldalirányú anyagmozgást bélsugarak hiányában a szállítókötegek kifelé futó elágazásai biztosítják. Az egész szállító és szilárdító rendszer parenchimatikus alapszövetbe ágyazódik. Évgyűrüs szerkezet híján a fák kora nehezen meghatározható. Általánosan elfogadott nézet, hogy akár 130-150 évig élhetnek.
A kaktuszok kulcsfontosságú fajok a Galapagos-szigeteken különösen a kopár, száraz partvidékek ökoszisztémáiban. A kladódiumok húsos alapszövete egyfajta vízraktárnak tekinthető így a belőle lakmározó állatok szomjukat is oltják. A kaktuszfa törzsében könnyen kialakuló üregek, járatok különböző madarak búvó és fészkelő helyei. Emellett számos itt élő faj fő táplálék forrásai. Virágaikat, gyümölcseiket, magvait a teknősök, szárazföldi leguánok és a növényevő madarak előszeretettel fogyasztják és terjesztik. A kaktuszfák virágait látogató madarak a faj fő beporzói is, a szigeteken ugyanis alig találunk repülő rovarokat. 
